Tahun-tahun terakhir Akbar dirundung malang akibat daripada salahlaku anak-anaknya. Dua anaknya meninggal dunia akibat ketagihan arak. Anak ketiga, Salim, yang kemudiannya dikenali sebagai Maharaja Jahangir, sering melancarkan pemberontakan terhadap ayahnya. Asirgarh, sebuah kubu di Deccan, adalah tempat terakhir yang ditakluk oleh Akbar pada 1599 akibat terpaksa menuju ke utara untuk menghadapi anaknya. Dikatakan, kesihatan Akbar merosot akibat malapetaka ini yang akhirnya membawa beliau kepada kematiannya. Beliau telah disemadikan di sebuah makan raja yang indah di Sikandra, dekat dengan Agra.